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整理孟德尔随机化、网络药理学、实验资源等方向的方法概念、常用工具与参考文献，持续扩充中。
孟德尔随机化
26 个按两样本 MR 分析流程排列：暴露端 → 结局端 → 变量注释 → 共定位 → 组织落位 → 可成药性 → 机制解释。
概念
孟德尔随机化（Mendelian Randomization, MR）利用遗传变异（通常是与暴露相关的 SNP）作为工具变量，估计暴露对结局的因果效应，规避传统观察性研究中的混杂偏倚与反向因果问题。有效性依赖三个核心假设：① 相关性假设，工具变量与暴露强相关；② 独立性假设，工具变量与混杂因素无关；③ 排他性假设，工具变量只能通过暴露影响结局，无其他直接路径。
常用方法
参考文献
- Davey Smith G, Ebrahim S. "Mendelian randomization": can genetic epidemiology contribute to understanding environmental determinants of disease? Int J Epidemiol. 2003.
- Burgess S, Butterworth A, Thompson SG. Mendelian randomization analysis with multiple genetic variants using summarized data. Genet Epidemiol. 2013.
- Bowden J, Davey Smith G, Burgess S. Mendelian randomization with invalid instruments: effect estimation and bias detection through Egger regression. Int J Epidemiol. 2015.
- Bowden J, Davey Smith G, Haycock PC, Burgess S. Consistent estimation in Mendelian randomization with some invalid instruments using a weighted median estimator. Genet Epidemiol. 2016.
- Verbanck M, Chen CY, Neale B, Do R. Detection of widespread horizontal pleiotropy in causal relationships inferred from Mendelian randomization between complex traits and diseases. Nat Genet. 2018.
- Hemani G, et al. The MR-Base platform supports systematic causal inference across the human phenome. eLife. 2018.
- Skrivankova VW, et al. Strengthening the Reporting of Observational Studies in Epidemiology Using Mendelian Randomization (STROBE-MR). JAMA. 2021.
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① 暴露端 · pQTL
② 结局端 · 疾病GWAS
④ 共定位分析
⑤ 组织落位
网络药理学
9 个按工具类型分组：成分-靶点数据库 → 化合物-蛋白互作 → 疾病基因数据库 → 网络分析可视化。
概念
网络药理学（Network Pharmacology）是系统生物学视角下的药物作用机制研究方法，核心思想是从"单靶点"转向"多成分-多靶点-多通路"的整体网络分析，尤其适用于中药复方这类多成分体系的作用机制解析。
常用分析流程
参考文献
- Hopkins AL. Network pharmacology. Nat Biotechnol. 2007.
- Hopkins AL. Network pharmacology: the next paradigm in drug discovery. Nat Chem Biol. 2008.
- Li S, Zhang B. Traditional Chinese medicine network pharmacology: theory, methodology and application. Chin J Nat Med. 2013.
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成分-靶点数据库
化合物-蛋白互作
疾病基因数据库
网络分析可视化
实验资源
20 个模式生物基因组/表型数据库、斑马鱼专题资源（含显微注射/转基因工具），以及通用湿实验资源。
模式生物数据库
斑马鱼专题（含显微注射/转基因）
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